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  • 작성자 사진GOONO

#21차 기업부설연구소 부실운영 Q&A

레드윗 x 우리회계법인 2023.04.11

연사 : 조용립 회계사님 (우리회계법인)

주제 : 기업부설연구소와 연구개발비 세액공제


이번 포스팅에서는 웨비나 진행 시 받았던 사전 질문 및 현장 질문을 공유해 드리고자 합니다.

많은 대표님 및 연구원님들께서 질문을 주셨었는데요, 그 중 여러분께 공유하면 좋을 질문들만 추려서 공유해 드릴게요.




💡 TIP
KOITA 에서도 기업부설연구소와 관련한 여러 FAQ 를 제공합니다. 아래 정리된 내용 외에 다른 궁금하신 사항은 아래 링크를 확인하시면 도움이 되실거에요.

🔽[KOITA FAQ 확인하기]



1. 사전 질문

Q1. 기업부설연구소 인건비가 법인세 세액공제 혜택이 큰데, 유의해서 관리해야할 포인트와 문제가 발생했던 실제 사례는 무엇이 있을까요?

A1. 기업부설연구소 소속 연구요원은 연구개발활동 외에 생산, 영업, 마케팅 등의 활동을 수행해서는 안됩니다. 추후 세무조사 시 연구원의 업무일지, 출장일지 등을 살펴보고 연구 외 다른 업무 수행 시 추징하는 사례가 많았습니다.


Q2. 공유오피스도 기업부설연구소 설립이 가능할까요?

A2. 공유오피스에도 기업부설연구소 설립은 가능합니다. 물적요건에 맞게 파티션 등으로 독립된 공간을 확보됨을 도면 & 사진 등으로 제출해야 인정받을 수 있습니다.


Q3. 10인 이상 연구소에서 [연구실 안전 및 유지관리비 사용내역서] 를 작성하는데 있어 예산편성을 어떻게 하는지 궁금합니다. IT 기업인 경우에는 연구실 안전관리자를 따로 두지 않아도 무방할까요?

A3. 10인 이상 연구소에서는 보험가입 보고서 및 연구실 안전 유지관리비 계획 및 사용내역서를 작성하여 제출하게 되어있는데요. 보험가입 보고서에는 산재보험 기준으로 작성하면 되고 연구실 안전 유지관리비 계획 및 사용내역서 보험료만 산재보험료 기준으로 작성하시면 됩니다. 직전연도 실적상 해당이 없는 항목은 기재하지 않고, 당해연도 예산에 보험료와 기타 예상되는 항목을 적절하게 기재하여 제출하시면 됩니다.


Q4. 기업부설연구소 설립 시 기업에서 월급을 주어야 하는지, 연구과제나 용역에서 월급을 받아도 되는지 궁금합니다.

A4. 기업부설연구소는 회사 내의 총무부, 경영지원부 등과 같이 하나의 부서에 불과합니다. 따라서 기업부설연구소가 회사 내 또는 밖에 위치한 경우에도 새로이 사업자등록증을 발급받을 필요가 없습니다. 당연히 기업부설연구소에 소속된 임직원의 월급 등 제반 경비는 회사에서 지급해야 하며, 정부출연과제 등을 수행하면서 인건비를 지원받거나, 위탁연구개발을 받아 그 인건비 등의 재원으로 활용하는 것은 문제가 없습니다. 또한 해당 인력은 생산 등 연구개발업무 외에 활동에 관여해서는 안됩니다.


Q5. 기업부설연구소 연구원, 연구프로젝트 수행과 회계감사의 연구 프로젝트가 같은 맥락인지요? 아님 다른 것인지요?

A5. 연구프로젝트는 유사한 맥락이라고 볼 수 있으나, 회계상 연구개발비는 연구요원의 인건비, 연구용 재료비, 연구장비 렌탈비용, 연구장비의 감가상각비, 연구요원의 식대 등 다양한 연구개발활동과 직접 관련이 있는 모든 비용을 말하며, 연구개발비 세액공제 대상에 해당되는 비용은 그 중 연구요원의 인건비, 연구용 재료비, 연구장비 렌탈비, 위탁연구개발비에만 국한됩니다.


Q6. 기업부설연구소와 벤처기업 인증과의 연관관계에 대해서 설명해 주실 수 있을까요?

A6. 벤처기업인증은 총 3가지 유형으로, 아래 유형에 해당되면 인증이 가능합니다.

  • 벤처투자유형 (적격한 투자기관으로부터 5천만원 이상 투자를 받을 것)

  • 연구개발유형 (기업부설연구소 존재 및 직전 4분기 연구개발비가 총 5천만원 이상일 것)

  • 혁신성장유형

연구개발유형에 해당하는 경우 성장성이 우수한 것으로 평가받으면 족하며, 기업부설연구소가 없는 경우 혁신성장유형으로 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 모두 우수한 것으로 평가받아야 하므로, 기업부설연구소가 있는 경우 인증에 더 유리하다고 할 수 있습니다.



 


2. 현장 질문

Q1. 개인사업자 (1인 기업)도 기업부설연구소 설립이 가능할까요?

A1. 기업부설연구소는 연구전담요원이 최소 3명 이상 있어야 설립이 가능합니다. 다만 창업 3년 미만의 소기업인 경우에 2명만 있어도 인정받을 수 있고 연구전담요원 자격을 갖춘 대표이사가 겸직할 수 있습니다. 하지만 회사 내 인원이 1명이라면 기업부설연구소 설립은 불가하겠죠. 이런 경우에는 1명만 있어도 충족되는 연구전담개발부서를 먼저 설립하셔서 운영하시다가 연구원 충원 시 기업부설연구소로 넘어가시는 것을 추천 드립니다.


Q2. 저희는 기업부설연구소 만 1년차 스타트업입니다. 지금은 이사 2명이 연구원으로 등록을 한상태인데 지분이 있는 이사의 경우에는 인력개발비에 대한 세액공제 혜택이 없는 게 맞나요? 이 경우 일반 채용 직원들을 전략적으로 부설연구소에 넣는 게 맞을까요?

A2. 기업부설연구소는 시제품의 설계, 제작, 시험 활동을 수행하는 연구요원 및 연구보조원이 근무할 수 있습니다. 주주인 임원으로서 당해 법인의 지분 10% 초과하여 소유하는 주주 등은 제외됩니다. 예컨대 A 연구원은 등기임원으로 지분 15% 가지고 있는 경우는 연구개발비 세액공제에서 제외되는 것이나, B 연구원은 부장의 직위로 지분 20% 가지고 있는 경우는 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 있습니다.

한편, 연구전담요원으로 등록 시 대표이사의 경우 전임과 겸임을 나눠서 등록할 수 있습니다. 이 때 겸임으로 등록이 되면 인력개발비 세액공제 혜택이 없습니다. 연구소 인원에 대한 세액공제를 받기를 희망하신다면 연구요원 충원 후 연구소에 배치하시는 것이 좋을 것 같습니다.


Q3. 소기업의 경우 창업일로부터 3년이 지나면 대표이사는 연구전담요원이 겸직이 되지 않는건가요? 연구소장은 될 수 있나요?

A3. 창업일로부터 3년까지는 연구전담요원 자격을 보유한 대표이사의 연구전담요원 겸직 허용됩니다. 창업 3년이 경과한 이후에는 필히 변경신고를 하여야 합니다.(소기업 요건: 연구전담요원 3인 이상 보유 및 기업대표의 연구전담요원 제외)


Q4. 연구장비구입비는 세액공제 대상이 아닌가요?

A4. 연구장비 취득관련 지출은 조세특례제한법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제 대상이 아닙니다. 단, 조세특례제한법 제24조에 따른 통합투자세액공제 적용 대상이 될 수 있습니다.


Q5. 기업부설연구소에 등록된 연구소에 상주해야 하는 것으로 보이는데, 재택근무나 원격근무는 할 수 없나요? 연구소장이나 연구원이 근무해야하는 일수가 궁금합니다.

대표이사가 연구요원으로 등록되어 있다면, 대표도 항시 연구소에 있어야 할까요?

A5. 연구전담요원은 기업부설연구소의 연구시설에서 근무해야 되는 것이 원칙이나 아래 중 어느 하나에 해당하는 경우 과기부장관에게 미리 알린 후 자택 등에서 근무가 가능합니다.

  • 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따른 감염병에 대응하기 위하여 필요한 경우

  • 연구전담요원등의 효율적인 연구개발 활동을 위하여 과학기술정보통신부장관이 필요하다고 인정하는 경우. 다만, 연구전담요원등이 「병역법」에 따른 전문연구요원인 경우는 제외한다.

신규/변경 신고 시 재택근무란에 여/부 체크를 통해 연구시설이 아닌 장소에서도 근무할 수 있습니다. (재택근무를 하더라도 연구소 및 전담부서 신청 공간 내에 좌석 및 사무기자재는 확보되어야 하고 재택근무 증빙서류도 꼭 첨부해야 합니다.)

또한 연구요원의 근무 일수는 회사 내규에 따른 것으로 별도로 정해진 일수는 없습니다. 연구요원으로 등록된 인원은 연구소에 상주해야 합니다. 다만, 현장실사 시 자리에 없었다면, 추후 어떤 이유로 자리를 비웠는지 등 보완 요청을 하게 됩니다. 그 때 부재에 대한 이유 등으로 해명하시면 됩니다.


Q6. 대표이사가 연구요원으로 등록되었는데, 업무는 변동이 없다면 전담요원에서 빠져야 하나요?

A6. 연구전담요원은 연구개발을 전담으로 수행해야 하므로 타업무를 겸직할 수 없습니다. 대표이사는 기업의 경영, 관리 등의 업무를 수행하므로 연구전담요원으로 등록할 수 없습니다. 대표이사가 연구소의 연구소장(겸임)으로 등록되는 것은 특별히 문제가 없는 것으로 판단됩니다. 다만, 창업 3년 이내 소기업의 대표이사인 경우에만 학위, 전공, 자격증 등 요건을 충족하고 연구개발을 수행하는 경우에는 연구전담요원(전임)으로 등록할 수 있습니다.


Q7. 기업부설연구소 설립 시 해외 영주권자도 가능할까요?

A7. 연구업무가 가능한 체류자격이 있거나 외국인등록증을 보유하고 최소 6개월 이상 연구업무에 전담할 수 있으면 외국인도 연구전담요원의 자격요건이 됩니다.

  • 연구전담요원이 되기 위한 입국목적별 비자는 주재(D-7), 기업투자(D-8), 연구(E-3), 기술 지도(E-4), 특정활동(E-7), 재외동포(F-4), 영주(F-5), 방문취업(H-2), 거주(F-2), 결혼이민 (F-6) 등이 있습니다.

  • 외국인등록증은 체류지 관할사무소장 또는 출장소장이 발급하며, 외국인 등록번호는 생년월일, 성별, 등록기관 등을 표시하는 13자리 숫자로 되어 있습니다.


Q8. 서비스 분야에서 기존에 운영중인 앱 서비스를 유지/보수 + 기능 개선 (앱 업데이트, 고도화) 하는 개발자들도 연구원으로 볼 수 있을까요?

A8. 서비스 유지 및 보수를 하는 인원은 연구개발활동을 전적으로 수행한다고 보기에는 어려움이 있을 것으로 판단됩니다. 다만, 새로운 버전 서비스를 위한 시제품의 개발 활동을 하시는 인원은 연구개발활동을 수행하는 것으로 볼 수 있을 것으로 판단됩니다.


Q9. 기업부설연구소 현장실사는 얼마만에 한번씩 이루어지나요? 불시점검이 나올 수는 있지만 대략적인 주기를 알고 싶습니다.

A9. 별도 주기가 있는 것은 아니지만, 일반적인 경우, 현지확인 대상 월에 기업의 대표나 신고관리 담당자에게 공문으로 통보되어 목적 및 준비사항 등에 대해 안내를 먼저 해줍니다. 그러나 신고내용에 대한 허위가 의심되거나 부실연구소 등으로 신고되는 등의 경우에는 사전통보 없이 현지확인이 실시될 수 있습니다. (변경 신고를 적시에 하신다면 현지확인 시에도 문제 없이 점검 받으실 수 있습니다!)


Q10. 기업부설연구소 & 연구전담개발부서가 취소되면 어떤 불이익이 있나요?

A10. R&D 지원제도를 받으셨던 경우, 연구소 또는 전담개발부서가 취소되면 혜택을 받지 못하게 됩니다. 또한 연구소 인정을 조건으로 국책사업 및 지원제도를 신청하신 경우 불이익이 발생할 수도 있습니다.



 

여기까지 Q&A 를 정리해 보았는데요, 기업부설연구소 & 연구전담개발부서를 운영하신다면 궁금하셨던 점들이 해결되셨기를 바라겠습니다🙏 모든 중소기업과 스타트업에게 도움이 될 만한 내용으로 다음 웨비나를 준비해 보도록 하겠습니다.


그리고 연구노트 작성 및 구노 도입과 관련한 문의가 있으시다면 오른쪽 하단의 버튼을 클릭하여, 실시간 상담을 진행하시거나 바로 하단의 서비스 소개서 다운로드를 통해 확인하실 수 있습니다.

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